Le nombre de microorganismes vivants dans l’organisme humain est énorme, et est estimé entre 1012 et 1015 de cellules bactériennes. Ces bactéries sont environ deux à dix fois plus nombreuses que les cellules somatiques humaines. Autrement dit, seulement 10% de nos cellules sont humaines et 90% sont des bactéries.
Leur nombre exact est difficile à déterminer, cependant, des études récentes semblent clairement indiquer qu'il n'existe pas de région parfaitement stérile dans notre corps.
La concentration la plus importante de bactéries (un peu moins de 99 %) se trouve dans notre intestin. Il est donc vital qu’un nourrisson se constitue une flore intestinale saine dès le premier jour car plus de 80% des cellules immunocompétentes se trouvent dans l’intestin.
Notre système immunitaire et le microbiote intestinal travaillent ainsi en étroite collaboration. Ces microorganismes sont essentiels, surtout au début de la vie, car ils "entraînent" le système immunitaire encore immature du nourrisson.
Une colonisation bactérienne adéquate de l’intestin est indispensable pour chasser les pathogènes étrangers. Ces micro-organismes produisent également de nombreuses substances qui affectent directement l'environnement intestinal, et donc le métabolisme dans son ensemble. Un bon équilibre bactérien est donc primordial pour la santé des tout-petits, comme des plus grands.