Analyses du microbiote intestinal disponibles dans le commerce, mais à utiliser avec prudence en milieu hospitalier

02/2026
Auteur : Dr Martin Claßen, Brême

Ces dernières années, nous avons pris davantage conscience de l'importance capitale du microbiote pour la santé et les risques de maladie, non seulement en ce qui concerne les infections intestinales, mais aussi les troubles psychiques, métaboliques et immunologiques. De nouvelles méthodes d'analyse du microbiote, ne nécessitant pas de culture, ont permis d'enrichir nos connaissances grâce à l'analyse génétique des bactéries intestinales, rendue possible par l'amélioration des capacités de traitement des données. Dans ce contexte, il semblerait logique d'intégrer ces méthodes à la prise en charge courante des patients.

Toutefois, un document de consensus récent, publié dans la prestigieuse revue "The Lancet" par un groupe international de chercheurs, a démontré que ces analyses ne devraient être réalisées que dans des circonstances bien précises.

Le document a abordé cinq domaines :

  1. Principes généraux et exigences minimales pour les diagnostics
  2. Étapes procédurales préalables aux tests
  3. Réalisation de l'analyse du microbiote
  4. Caractéristiques des rapports
  5. Pertinence des tests du microbiote dans la pratique clinique

Je pense que les recommandations suivantes sont particulièrement importantes :

  • Aucun test ne doit être réalisé à la seule demande d’un patient sans justification médicale.
  • Toute contamination doit être évitée lors du prélèvement et de l’envoi des échantillons.
  • Le séquençage d’amplicons ou le séquençage du génome entier doivent être privilégiés, de préférence aux méthodes basées sur la culture ou la PCR.
  • Les résultats doivent inclure des données sur la diversité microbienne et des comparaisons avec des cohortes saines.
  • L’analyse du métabolome et l’indication d’un indice de dysbiose ne sont pas recommandées.
  • Le laboratoire ne doit formuler aucune recommandation thérapeutique directe sur la base des résultats.
  • Les analyses du microbiome ne font pas partie intégrante des soins courants.

Pour plus de détails, veuillez consulter l’article.

Commentaire: 

Les analyses du microbiote intestinal sont très prometteuses d'un point de vue scientifique, et il ne fait aucun doute qu'elles joueront un rôle clé à l'avenir pour améliorer notre compréhension de diverses maladies. Les études d'intervention portant sur le transfert de microbiote fécal (TMF) y contribueront également. Toutefois, en ce qui concerne le diagnostic de la dysbiose ou des troubles du microbiote intestinal, la capacité à transposer ces connaissances théoriques à la pratique clinique n'a pas encore été suffisamment démontrée. Le document de consensus présenté ici l'explique en détail et met en garde contre la prescription de ce type d'analyse en l'absence d'indication clinique claire. De plus, l'absence de valeurs standardisées selon l'âge et les groupes de population signifie qu'il n'existe pas de valeurs de référence permettant de comparer les résultats. Le recours à des laboratoires commerciaux est relativement coûteux. À l'heure actuelle, je recommanderais de faire preuve de la même prudence que celle exprimée dans ce document de consensus si des parents posent des questions à ce sujet.

La meilleure synthèse des problèmes liés à l'utilisation des analyses du microbiote figure dans cette phrase du document :

« Malgré cet enthousiasme, l'application de la recherche sur le microbiote intestinal à la pratique clinique reste limitée en raison de plusieurs facteurs. Notamment la complexité du microbiote et des jeux de données de séquençage associés, la difficulté à distinguer corrélation et causalité, le recours à des modèles précliniques difficilement transposables à l'homme, les connaissances limitées de la plupart des cliniciens dans ce domaine, l'absence de test validé permettant un suivi thérapeutique, ainsi que l'absence de réglementation et de cadre établis pour la transposition clinique de ces recherches. »

C'est toutefois un domaine passionnant, et cette évaluation sera probablement révisée dans cinq ans.

Sources : Porcari S, Mullish BH, Asnicar F et al. International consensus statement on microbiome testing in clinical practice. Lancet Gastroenterol Hepatol. 2025 Feb;10(2):154-167. Epub 2024 Dec 5. PMID: 39647502; PMCID: PMC12343204. DOI: 10.1016/S2468-1253(24)00311-X